El Centro Hospital San Juan Bautista de Taminango necesita recuperar la inversión de recursos, establecer mecanismos eficientes, efectivos y oportunos de mejora para ser una institución de salud eficiente y competente, pues se evidencia un gran problema en el cobro de los servicios prestados y los servicios pagados, generados por un alto porcentaje de glosas, descuentos, pagos no puntuales por parte de Entidades Administradoras de Planes de Beneficios, lo que disminuye su flujo de caja. Por ello, es importante identificar las causas y los efectos financieros que genera el no contar con un modelo de recuperación de glosas. El problema de investigación se planteó así: ¿Cuáles son las causas generadoras de descuentos y glosas y sus efectos financieros por prestación de servicios en el Centro Hospital San Juan Bautista? Para ello se propuso como objetivo general, determinar esas causas generadoras de descuentos y glosas en facturación durante el periodo comprendido entre 2016 y primer semestre de 2018. El modelo teórico planteado está asociado al conocimiento, actitud y práctica del personal interno que labora en todas las áreas del Centro, frente a las glosas y descuentos que se realiza por no cumplir con la norma establecida para tal fin. El trabajo permite concluir que, a pesar de que la entidad no estuvo en riesgo fiscal y financiero durante el periodo de estudio, es importante aclarar que existen falencias internas que deben ser modificadas; es necesario un plan de mejora continuo que permita hacer correcciones inmediatas a los procesos y procedimientos financieros y asistenciales.