Los nematodos constituyen un importante problema de salud pública, por ello, la identificación del Toxocara canis de aislamientos en caninos del cantón Salcedo, provincia Cotopaxi, Ecuador, mediante la secuenciación de la región del segundo espaciador transcrito interno (ITS-2) del ADN ribosómico (ADNr), constituye una herramienta eficaz abordada en el presente estudio. Fueron muestreados parásitos adultos del género T. canis. El método fenol-cloroformo permitió la extracción de ADN. La amplificación por PCR se realizó utilizando primers específicos y el producto secuenciado mediante electroforesis capilar. Fueron secuenciados 383 pb de gen ITS-2 del ADN ribosómico. La identidad de cada aislado fue confirmada mediante el algoritmo NCBI BLAST. Los árboles filogenéticos fueron construidos utilizando el programa MEGA X. Los 20 aislados de caninos se identificaron como Toxocara canis, cuando se compararon con secuencias previamente depositadas en el GenBank. El árbol filogenético confirmó la identidad de los aislados estudiados, como pertenecientes al género Toxocara, particularmente T. canis.