Os biopesticidas são usados como uma alternativa ao uso de pesticidas químicos sintéticos. As formulações que contêm esporos de Bacillus thuringiensis (Bt) são amplamente utilizados, entretanto, pouco se sabe dos efeitos na biota aquática. O objetivo do estudo foi avaliar os efeitos genotóxicos e histopatológicos de uma concentração subletal de um biopesticida comercial à base de Bt em Oreochromis niloticus. Os peixes foram divididos (n = 10) em um grupo controle (GC) e um grupo exposto (GBt) na concentração de 60 mg L-1 do biopesticida Dipel® WP por 48 horas. Após a exposição, amostras de sangue, brânquias, fígado e rim foram coletadas para análise de biomarcadores de toxicidade. Os resultados demonstram que uma exposição aguda ao Bt induz o aumento de núcleos eritrocitários com morfologia segmentada. Não foi observado a indução de micronúcleos. As análises histopatológicas demonstraram que em 48 horas de exposição, no GBt, houve uma diminuição na frequência de hepatócitos hipertrofiados. Entretanto, o biopesticida não comprometeu a morfologia dos tecidos em toxicidade aguda. Os pesticidas de modo geral, são aplicados constantemente e regulamentações de uso não são amplamente seguidas, assim, nossos resultados sugerem que concentrações subletais podem induzir efeitos quando expostos de modo agudo. Os biopesticidas à base de Bt em baixas concentrações parecem ser pouco tóxicos aos peixes.