La educación para la salud es una expresión de gobernanza del Estado hacia las comunidades y viceversa. La salud pública y sus dinámicas en el departamento del Cauca están ancladas a la diversidad étnica, cultural y social de la región. Esta cuestión hace más complejas las intervenciones y demanda de la institucionalidad estrategias que engranen y hagan sinergia con las comunidades. El presente artículo da cuenta de una investigación que surge a partir de un vacío pragmático en la institucionalidad que no se ha podido resolver –o armonizar, si se quiere– entre las intervenciones de educación en salud y la participación de las comunidades. El ejercicio investigativo se basó en una intervención social con comunidades caucanas campesinas (El Tambo), afrodescendientes (Buenos Aires) e indígenas (Resguardo de Guambia, Silvia), desarrollada mediante un enfoque de tipo cualitativo, de carácter analítico y propositivo que describe el diseño de una guía metodológica que aporte a la gobernanza en salud pública en el territorio. La intervención tiene como elemento interesante la validación de los conocimientos institucionales, saberes, sabiduría y prácticas de los pueblos, para construir una sociedad más equitativa en transición hacia la paz territorial.