La presente investigación se realiza en el segundo semestre del 2018 y tuvo como propósito identificar el desarrollo de las habilidades de pensamiento crítico, creatividad e innovación y resolución de problemas en Ciencias Noveno año, Costa Rica, las cuales deben ser abordadas entre otras 10 habilidades más según la propuesta o transformación curricular del Ministerio de Educación Pública (MEP).  El paradigma empleado es naturalista, con un enfoque cualitativo dominante y un diseño fenomenológico, donde se aplican tres estudios de casos relacionados con temas sobre a la vida cotidiana, con el fin de determinar el desarrollo de la habilidad en el proceso de enseñanza y el aprendizaje. Los sujetos de investigación son 73 estudiantes de tres colegios nocturnos de la regional de educación de Heredia. El análisis de la información se hace mediante una rúbrica preestablecida donde se determina el grado de desarrollo de la habilidad;  entre los principales hallazgos se obtiene que las tres habilidades estudiadas tienen un desarrollo bajo en las clases de ciencias,  lo que da indicios a que la potenciación de las mismas en el aula no son abordadas, a pesar de que el programa de estudio de Ciencias III ciclo lo exige, por lo que es fundamental que se aborde integralmente con los docentes mediante capacitación y se logre comprender e interiorizar la importancia de una mediación pedagógica en el aula, que potencie las habilidades mediante la metodología de la indagación para Ciencias.