Pelaksanaan kurikulum 2013 memunculkan kendala yang dihadapi oleh sekolah, guru dan peserta didik. Dalam proses pembelajaran, banyak peserta didik yang tidak aktif dalam memahami konsep pembelajran yang diberikan guru, kemampuan berpikir kognitif pun masih rendah, fasilitas pemblajaran masih minim, buku biologi kurikulum 2013 untuk peserta didik sangat kurang, media dan sumber belajar kurang, dan kesulitan dalam melakukan praktikum karena alat dan bahan di laboratorium rusak. Tujuan penelitian untuk mengetahui faktor-faktor penyebab kesulitan peserta didik dalam proses pembelajaran biologi pada implementasi kurikulum 2013. Metode yang digunakan dalam penelitian ini bersifat deskriptif kualitatif, menggunakan angket dengan skala likert. Data dianalisis secara deskriptif menggunakan persentase. Hasil penelitian menunjukan bahwa persentase faktor kesulitan peserta didik dalam proses pembelajaran biologi pada implementasi kurikulum 2013 meliputi faktor internal yang terdiri dari minat 50% (rendah), motivasi 56,83% (sedang), kesiapan 49,19% (rendah), kondisi fisik 60,15% (sedang), dan faktor eksternal berasal dari lingkungan sekolah 50,65% (rendah), lingkungan keluarga 59,76% (sedang), dan masyarakat 63,28% (sedang). Berdasarkan kesulitan   yang dihadapi tersebut responden memberikan solusi yang diambil untuk mengatasi kesulitan tersebut adalah peserta didik diberikan sumber belajar lewat internet dan bimbingan sehingga proses pembelajaran biologi pada implementasi kurikulum 2013 di sekolah tersebut berjalan maksimal. Guru diharapkan mampu memberikan proses belajar mengajar yang aktif dan kreatif, serta mendorong peserta didik agar bisa berkomunikasi, serta menemukan dan memecahkan masalah. Peserta didik perlu lebih aktif dan menjadi subjek dalam pembelajaran.