As problemáticas relacionadas as falhas da auditoria contábil acontecem em diversos países desde a ocorrência da Enron e a WorldCom. Neste sentido, este estudo objetiva analisar os assuntos das seções relacionadas aos Principais Assuntos da Auditoria (PAA) nos relatórios dos auditores independentes referentes as demonstrações contábeis de instituições financeiras, listadas na Brasil Bolsa Balcão S/A (B3), dos anos de 2016, 2017 e 2018. A metodologia vincula-se a qualiquantitativa, descritiva e pesquisa documental. A análise estatística ocorreu mediante a média, desvio padrão, coeficiente de variação e o teste Kruskal-Wallis. Os resultados revelam que o ambiente de tecnologia da informação, as provisões e passivos contingentes – fiscais, cíveis e trabalhistas e as provisões para créditos de liquidação duvidosa são os PAA mais divulgados pelos auditores nos relatórios das instituições financeiras. Os achados contribuem no entendimento dos tipos de PAA, definidos por auditores independentes, quando examinam demonstrações contábeis de instituições financeiras.