La utilización de especies del hongo Trichoderma es de uso frecuente en el control biológico, donde inicialmente se aplicó por sus propiedades micoparásitas y antibióticas. Numerosas publicaciones han demostrado también su capacidad para colonizar las raíces y sus múltiples efectos favorables sobre los cultivos. Para Costa Rica no hay referencias que hagan mención al uso de filtrado de metabolitos secundarios para incrementar la producción de chile dulce. El objetivo de esta investigación consistió en comparar el efecto de filtrado de metabolitos secundarios presentes en un biofiltrado del hongo Trichoderma asperellum en la estimulación del crecimiento en chile dulce (Capsicum annum var Nathalie) en ambientes protegidos. Se evaluaron tratamientos a diferentes concentraciones de T. asperellum y de sus biofiltrados, en almácigos de esta hortaliza. Los efectos obtenidos con la aplicación de T. asperellum sobre la estimulación del crecimiento indican que la utilización de este biocontrolador tiene un impacto mayor en la etapa de almácigo. El tratamiento de T50 (T. asperellum al 50%) resultó ser la mejor opción durante los dos años de análisis en la elongación de la raíz, además promovió un incremento en la biomasa de la raíz y el área foliar.  Sin embargo, la utilización de este microorganismo en invernadero en la etapa de productividad, no presentó diferencias significativas entre los tratamientos, aunque se observó un buen desarrollo foliar de las plantas comparadas con el testigo.