As contaminações em frutas e hortaliças resultantes da atividade de patógenos geram significativas perdas na fase pós-colheita e na etapa de comercialização. Não somente uma sanitização inadequada dos pontos de amostragem e venda, mas a falta de boas práticas e manuseio em toda a cadeia favorece a incidência de podridão de origem microbiana e da contaminação secundária no ambiente de armazenamento e comércio. Assim, o objetivo deste trabalho foi o de gerar informações para orientar uma melhor sanitização fazendo uso de agentes antimicrobianos que tenham uma atuação mais eficiente no controle dos microorganismos que predominam nestes pontos de venda. Através de um estudo de caso, foi realizado amostragem em uma importante central de recebimento e comercialização de frutas e hortaliças no atacado e varejo, localizada em São Carlos, SP, sendo identificados 46 tipos de bactérias em diversos pontos de acondicionamento e venda. As gôndolas de hortaliças e os pratos da balança foram os locais de maior incidência microbiana. A maioria dos microorganismos identificados é do tipo Gram-positivo, contudo das 16 bactérias reconhecidas como Gram-negativas, 13 destas apresentaram média ou alta motilidade, sendo considerados organismos de alto potencial patógeno. Por meio de análise de material genético replicado por técnica de PCR (polymerase chain reaction), identificaram-se dois grupos Gram-negativos dominantes: Escherichia e Enterobacter, em diferentes cepas.