El presente artículo aborda un problema ambiental en la cuenca hidrográfica San Juan, en la provincia Santiago de Cuba. El objetivo fue evaluar la vulnerabilidad del acuífero San Juan bajo las afectaciones del uso del suelo. Los métodos empleados son el análisis documental y el Groundwater confinment, Overlaying strata and Depth groundwater (GOD), la vulnerabilidad por exposición y fragilidad ambiental, representados en un Sistema de Información Geográfica (SIG). Los resultados evidencian una propuesta metodológica adaptada que permite determinar la vulnerabilidad de acuíferos y analizar las afectaciones por el uso del suelo, aportando una herramienta útil en la toma de decisiones. El mapa de vulnerabilidades muestra que el acuífero está sometido a vulnerabilidad alta y moderada, siendo el área acuífera una zona en conflicto de usos del suelo, con un crecimiento urbano desordenado, usos de contaminantes potenciales, como vertido de residuales domésticos, hospitalarios, industriales, porcinos y de cultivos varios.