El objetivo del estudio fue evaluar la contaminación de aguas superficiales en la periferia urbana de Puerto Maldonado (amazonia peruana), utilizando análisis biológicos, fisicoquímicos y microbiológicos. Las muestras de agua se colectaron en seis cuerpos de agua (dos ríos, tres quebradas y un lago). Los parámetros fisicoquímicos de cada sitio de estudio no superaron los límites del Estándar de Calidad Ambiental peruano (ECA), excepto el oxígeno disuelto en ríos cercanos a zonas urbanas. La contaminación de los recursos hídricos está relacionada con los vertidos de aguas residuales y la escorrentía de aguas pluviales. Así, los mayores puntos de contaminación fecal fueron en los ríos cercanos a las zonas urbanas, superando el límite establecido por el ECA para la conservación del medio acuático (UFC ml-1 >2000). En el río Madre de Dios, la concentración de coliformes fecales superó en 75 veces al máximo permitido por el ECA, indicando que los ríos Tambopata y Madre de Dios de Puerto Maldonado están fuertemente contaminados.