Pemeliharaan sapi bali secara Sistem PertanianTerintegrasi dapat mengontrol kesehatan ternak serta diharapkan mampu mencegah/menekan serangan penyakit pada ternak sapi. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui prevalensi dan mengidentifikasi jenis protozoa gastrointestinal di Simantri Kecamatan Mengwi. Sampel yang digunakan adalah feses sapi bali yang masih segar berjumlah 105 sampel, yang berasal dari 21 Simantri di Kecamatan Mengwi Kabupaten Badung. Pemeriksaan feses dilakukan dengan menggunakan metode pengapungan gula sheater serta identifikasi protozoa berdasarkan morfologi dan morfometri. Hasil penelitian menunjukkan prevalensi infeksi protozoa gastrointestinal pada sapi bali Simantri Kecamatan Mengwi Kabupaten Badung yaitu sebesar 39,04%. Hasil identifikasi jenis protozoa yang menginfeksi sapi bali antara lain Coccidia sebesar 35,23%, Balantidium sp 7,61%,  dan Entamoeba sp sebesar 2,85%. Tidak terdapat hubungan yang nyata (P>0,05) antara frekuensi kebersihan kandang dengan infeksi protozoa gastrointestinal.