La clasificación de los organismos vivos ha sido modificada numerosas veces, debido a que algunos grupos han sido difíciles de catalogar. Actualmente se reconocen siete reinos: Animalia, Plantea, Protozoa, Fungí, Archaea, Bacteria y Chromista. Este último es un grupo polifilético, muy variable morfológicamente, importante en ecosistemas marinos. La filogénia molecular permite clasificar de acuerdo con relaciones de parentesco. En este estudio se analizó la región ITS para verificar las relaciones entre diferentes filos del reino Chromista. Se seleccionaron 46 secuencias de ADN de especies diferentes de las bases de datos, se procesaron y analizaron, empleando métodos bioinformáticos de distancia y filogenia. Todos los dendrogramas mostraron una distribución de especies de acuerdo con la clasificación vigente, evidenciando que los chromistas forman un linaje diferente de los protozoos. Finalmente, es necesario realizar más estudios para descifrar mejor la evolución, fisiología y ecología; y así desarrollar estrategias de conservación, manejo y biotecnologías.