A crescente preocupação com os efeitos provenientes do uso de combustíveis fosseis, devido à grande dependência dos mesmos, tem proporcionado nas últimas décadas estudos mais intensos sobre biocombustíveis, bem como a diversificação de matérias primas. Atualmente o maior produtor mundial de etanol é os Estados unidos e a matéria prima majoritária utilizada para este fim é a cultura do milho. Entretanto, tem se buscado uma maior diversificação de matérias primas, intensificando-se os estudos voltados para culturas como a mandioca e a batata-doce. Visando a obtenção de cultivares com alto potencial energético, a engenharia genética é considerada uma ferramenta indispensável, já que o melhoramento tradicional tem sido um desafio para diversas culturas. Entre as várias técnicas aplicadas, estão os estudos moleculares transcricionais, que possuem como a primeira etapa a extração do RNA, sendo este um fator limitante em análises moleculares, por ser a base para estudos posteriores. Nesta revisão consta um levantamento dos métodos mais empregados para o isolamento do RNA das culturas do milho, mandioca e batata-doce e uma análise de custo/benefício. Concluindo-se que o método menos dispendioso e que mantem qualidade e quantidade de RNA são os protocolos que tiveram suas adaptações a partir do método de CTAB.