Wilayah hulu DAS Pekalen mengalami perubahan tata guna lahan yang menyebabkan terjadinya sedimentasi pada Kali Pekalen. Dengan adanya sedimentasi tersebut, maka dapat mengakibatkan berkurangnya kemampuan eksisting sungai untuk menampung debit, sehingga menyebabkan masalah banjir di sekitar wilayah Kali Pekalen. Dalam hal ini maka dilakukan analisa kapasitas Kali Pekalen dengan menggunakan aplikasi HEC-RAS untuk mengetahui kemampuan eksisting sungai dan juga mengetahui alternatif penyelesaian dari masalah banjir tersebut. Untuk melakukan analisa tersebut diperlukan analisa hidrologi untuk mendapatkan debit banjir rancangan. Metode yang digunakan untuk mencari debit banjir rancangan yaitu dengan menggunakan Hidrograf Satuan Sintetis Nakayasu dengan kala ulang Q50 th untuk wilayah hulu, tengah, dan hilir Kali Pekalen. Setelah mendapatkan hasil perhitungan debit banjir rancangan, maka dilakukan analisa aliran dengan menggunakan aplikasi HEC-RAS 5.0.7. Berdasarkan hasil analisa yang telah dilakukan, terdapat 163 ruas patok di wilayah hulu, tengah dan hilir Kali Pekalen yang tidak mampu menampung debit. Sehingga ada 163 ruas patok di Kali pekalen yang dipasang tanggul dengan desain Concrete Sheet Pile (CCSP) yang memiliki panjang 12 m, dan kedalaman 6,45 m dari dasar sungai.