Um dos mais importantes avanços na criação de novos fármacos tem sido a utilização da modelagem molecular, pois é uma ferramenta imprescindível no processo de descoberta de novas moléculas bioativas, e no aperfeiçoamento de um protótipo já existente. A variação molecular é a mudança química de um heterogêneo, com o intuito de aprimorar sua finalidade como droga, ampliando sua eficácia, aperfeiçoando sua porcentagem e extensão de absorção, diminuindo toxicidade e modificando características físico-químicas como por exemplo a solubilidade. Objetivos: destacar a importância da expansão da modelagem molecular como técnica para pesquisa de novos agentes terapêuticos. Metodologia: Trata-se de um trabalho por meio de uma pesquisa bibliográfica dos últimos 10 anos, utilizando como instrumento de pesquisa: livros, periódicos, revistas, artigos científicos, e bases de dados nacionais e internacionais, tais como, PubMed e Scielo, utilizando-se como descritor modelagem molecular. Resultados e discussão: As técnicas computacionais permitiram que estruturas intermediárias de reações ou estados de transição hipotéticos, pudessem ser modelados e suas propriedades mensuradas, possibilitando o estudo das conformações e propriedades de uma molécula. Conclusões: Tem sido desenvolvido uma grande diversidade de programas computacionais e métodos para visualizar a geometria tridimensional (3D) e calcular as propriedades físicas das drogas, objetivando a criação de novas moléculas bioativas, cuja finalidade é a elaboração de medicamentos mais seguros, com melhor especificidade, aumento da seletividade fármaco-receptor, com o propósito de diminuir e/ou eliminar efeitos adversos e toxicidade de um fármaco.Palavras-chave: Modelagem molecular, desenvolvimento de novos fármacos, química farmacêutica.