O Cerrado é o um dos biomas que apresenta a mais rica flora dentre as savanas do mundo e possui um alto índice de endemismo. No entanto, ainda há pouco conhecimento acerca destas espécies. Com a modernização e avanços das técnicas da Genética e da Biologia Molecular surgiram diversos tipos marcadores moleculares que detectam o polimorfismo genético diretamente no DNA. Dentre os diferentes tipos de marcadores os microssatélites se destacam por serem altamente polimórficos. Essas sequências apresentam elevada taxa de mutação, sendo altamente informativas e apresentando elevado potencial de utilização em programas de melhoramento de plantas, na construção de mapas genéticos, na identificação de indivíduos, entre outras aplicações. O presente trabalho teve como objeto caracterizar marcadores microssatélites no genoma de plantas nativas do Cerrado brasileiro, depositadas em bancos de dados de DNA. O estudo foi realizado por meio da obtenção de sequências do DNA de vinte plantas, em seguida foi feita a busca e a caracterização de microssatélites no genoma dessas plantas e o desenho de primers que flanqueiam os marcadores encontrados. Foram localizados 123 microssatélites, sendo 38 mononucleotídeos, 79 dinucleotídeos, 5 trinucleotídeos e 1 tetranucleotídeo.