Les structures d’accompagnement jouent un rôle important dans la survie des entreprises innovantes lors des premiers stades de leur développement. De ce fait, l’État tunisien s’est lancé, depuis les deux dernières décennies, dans un programme national d’implantation de pépinières d’entreprises afin de soutenir la création d’entreprises innovantes. Dans ce cadre, on s’interroge sur le rôle des pépinières du Sahel Tunisien dans l’accompagnement des entrepreneurs innovateurs hébergés. Une étude qualitative exploratoire a été menée auprès d’un échantillon de quatorze entreprises, incubées dans les quatre pépinières du Sahel à savoir : Mahdia Entreprendre, Initiatives Innovantes « Ksar Hellal » à Monastir, Sousse Tech hébergée à l’ISET Sousse et Soft-Tech hébergée à la Technopôle Sousse. Les résultats révèlent que les principaux freins liés à leur processus de création sont d’ordres institutionnels et financiers. Afin d’améliorer l’accompagnement des entrepreneurs innovateurs en phase amont de création de leurs entreprises, des recommandations concrètes ont été formulées. Classification JEL : L26, O32, O38.