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Este artículo ahonda en el vínculo del discurso con la salud. El objetivo del estudio es examinar las vivencias de violencia institucional que han padecido las pacientes con endometriosis mediante el análisis de la argumentación. El marco metodológico es eminentemente cualitativo. El corpus consta de treinta entrevistas semiestructuradas a mujeres chilenas con endometriosis diagnosticada. Se analizan los esquemas argumentativos (Toulmin, 1958/2007; Pardo, 2011 y Molina, 2012) presentes en los relatos autobiográficos de estas mujeres cuando abordan un episodio de violencia institucional padecido. Los resultados del análisis demuestran que tanto los datos como las conclusiones se basan en hechos vivenciados por ellas en sus interacciones con los médicos o el sistema de atención público de salud, quienes representan a los actores sociales más frecuentes en estos relatos. Además, las garantías expuestas dan cuenta de creencias sociales que obstaculizan la relación médico-paciente. Esto permite concluir cómo los episodios de violencia son reiterados en el quehacer clínico, lo que expone aún más a estas pacientes a nuevas dolencias.