Se presenta una metodología para caracterizar la alteración hidrológica debida a las EDAR a partir de datos de caudales medios diarios obtenidos de la Red Oficial de Estaciones de Aforo.  Como indicadores de alteración hidrológica se utilizan: i) los ratios propuestos por el MAPAMA, ii) los resultados del software IAHRIS y iii) nuevos ratios a escalas mensual y estacional propuestos por los autores de este estudio. Como ejemplos de aplicación se presentan tres casos en la Confederación Hidrográfica del Tajo: EDAR Sur en el río Manzanares, EDAR El Chaparral en el río Guadarrama y EDAR Arroyo Culebro Cuenca Baja en el Arroyo Culebro. Los casos analizados reflejan: (i) un valor de 0,3 se refrenda como umbral de alteración significativa en todos los ratios; ii) en tramos intensamente alterados es difícil diferenciar el efecto de las depuradoras del resto de perturbaciones; iii) en tramos sólo afectados por EDARs la alteración se manifiesta con más intensidad en los períodos secos, cuando los caudales mínimos pueden llegar a experimentar incrementos del orden del 130%. En otros casos se pierde el carácter de río estacional al desaparecer los períodos de flujo cero; iv) en tramos con cuantías importantes de vertidos se han observado incrementos de hasta 14 veces en las aportaciones anuales y 20 veces en las mensuales.