La présente étude a été conduite pour apprécier le niveau de pollution des eaux du collecteur de Dantokpa (Cotonou-Bénin) par l'évaluation de la diversité phytoplanctonique en relation avec les caractéristiques physico-chimiques afin de faire ressortir le risque de leur rejet sans traitement dans la lagune de Cotonou. L'analyse des eaux usées prélevées au niveau de trois stations a révélé des teneurs élevées en orthophosphates et en minéraux azotés (ammonium, nitrate et nitrite), une forte conductivité électrique et un faible taux d'oxygène dissous. Au total, 39 espèces phytoplanctoniques ont été identifiées au microscope et sur la base des clés d'identification. Cette communauté hétérogène de phytoplancton se répartit dans 5 embranchements (Chlorophytes, Chrysophytes, Cyanophytes, Euglénophytes et Rhodophytes) et 9 classes dominées par les Cyanophycées et les Diatomophycées. La densité phytoplanctonique a été élevée avec une moyenne de 25760 cellules/ml. Les paramètres étudiés témoignent de l'abondance de l'azote, du phosphore et des matières organiques dans les eaux du collecteur. Il est donc nécessaire de les épurer avant leur déversement dans la lagune au risque de provoquer son eutrophisation.