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In order to verify the Trypanosoma cruzi infection in domestic domiciled dogs in a rural endemic area from the south region of the State of Bahia, Polymerase Chain Reaction (PCR) were performed using S35 and S36 primers in 272 dogs living in the district of Vila Operaria, in the municipality of Buerarema. All animals were clinically evaluated; 2.5 mL of blood were collected through venipuncture for the performance of molecular tests. None of these animals showed clinical signs of the illness and only two were identified with the DNA parasite. This result is the first report of natural infection by T. cruzi in domestic dogs in southern Bahia.Keywords: Trypanosoma cruzi, dog, PCR, Polymerase Chain Reaction, Bahia. ResumoCom o objetivo de verificar a infecção por Trypanosoma cruzi em cães domésticos domiciliados em área rural e endêmica do sul da Bahia, foi realizada a Reação em Cadeia da Polimerase (PCR), utilizando-se os iniciadores S35 e S36 em 272 cães domiciliados no distrito da Vila Operária, cidade de Buerarema. Todos os animais foram avaliados clinicamente e, posteriormente, foram coletados 2,5 mL de sangue por punção venosa para realização do diagnóstico molecular. Nenhum dos animais apresentou manifestação clínica da doença e, em apenas dois foram identificados DNA do parasito. Esse resultado é o primeiro relato de infecção natural por T. cruzi em cães domésticos no sul baiano.