Tujuan penelitian ini untuk menggali secara teoritik  dan mendalam mengenai Implementasi Teori Pembaharuan Pendidikan Islam menurut Harun Nasution terhadap problematika PAI di Sekolah. Penelitian ini menggunakan metode penelitian literature atau library research. Hasil Penelitian ini diperoleh bahwa Teori Pembaharuan Pendidikan Islam menurut Harun Nasution tentang pembaharuan Pendidikan Islam sangat mempengaruhi bagaimana tumbuh kembangnya pendidikan Islam di Indonesia dari tingkat sekolah/madrasah hingga tingkat Perguruan Tinggi. Dari pemikiran Harun Nasution lahirlah demokrasi pendidikan yang merubah tatanan kelembagaan menjadi lebih terbuka dan model pembelajaran yang tidak monoton serta lebih mengembangkan kemampuan intelektual siswa maupun mahasiswa. Solusi dari Problematika PAI di Sekolah adalah; 1) mengajarkan penerapan nilai-nilai praktik Agama Islam dalam kehidupan sehari-hari dan menekankan nilai-nilai Agama dalam setiap kegiatan yang dilakukan baik dilingkungan sekolah maupun diluar lingkungan sekolah, diadakan pemisahan dan pengelompokan peserta didik berdasarkan tingkat kemampuan dan kefahaman yang sama. 2) pendidik harus selalu meningkatkan kualitas diri dengan terus mengembangkan potensi yang dimiliki dengan cara berperan serta dalam setiap pengembangan dan penerapan praktik agama Islam di lingkungan sekolah utamanya dan lingkungan masyarakat sekitar sehingga benar-benar bisa menjadi pendidik yang sebenarnya dengan meneladani cara mendidik Rasulullah SAW. 3) Membentuk lingkungan sekolah yang benar-benar menerapkan nilai-nilai Islam, berusaha untuk memperbaiki manajemen dengan cara menyadarkan pihak yang mengelola manajemen tentang pentingnya dan kewajiban memberikan pelayanan pelayanan Pendidikan Agama Islam yang memadai untuk peserta didik, Pemberdayaan semua pihak terkait atau stakeholder untuk ikut mengatasi kekurangan sarana dan prasarana di sekolah.