En este trabajo se discute la importancia taxonómica y ecológica de las diatomeas epilíticas como organismos indicadores de la calidad del agua en sistemas lóticos de América Latina, destacando algunos aspectos ecológicos de la respuesta de estas algas a la eutrofización. Dentro de los índices bióticos, se presenta y discute el Índice de diatomeas pampeanas (IDP) desarrollado por Gómez & Licursi (2001) para la región pampeana de Argentina, y el Índice Trófico de Calidad del Agua (ITCA) para sistemas lóticos subtropicales y templados en Brasil, propuesto por Lobo et al. (2015). En países tropicales como Colombia, Costa Rica y Ecuador, los resultados de investigaciones recientes que buscan establecer la tolerancia de diatomeas a la eutrofización sugieren, en general, una falta de concordancia con los valores tróficos de tolerancia de especies disponibles en la literatura científica. En la Cuenca de México, Salinas (2017) presenta el Índice de Diatomeas para la Calidad del Ecosistema (DEQI), destacando que este trabajo fue el primero en proponer un índice numérico para evaluar la calidad de los ecosistemas en función de la caracterización de la comunidad de las diatomeas epilíticas en los ríos del centro de México.