El conocimiento detallado del número de especies presentes en un área geográfica es fundamental para la realización de acciones y programas para el uso, protección y conservación biológica. En este sentido, los inventarios faunísticos han demostrado ser de gran utilidad para el conocimiento y uso de la biodiversidad. Partiendo de lo anterior se realizó un inventario de biodiversidad con estudiantes de la Institución Educativa Rural Platanillo de la sede el Vergel en el municipio de san José del Fragua-Caquetá. Donde se utilizó como método de muestreo metodologías no invasivas como puntos de observación para aves, trampas cámara y huellas, búsqueda intensiva en anfibios y reptiles y redes de arrastre en peces. Esta investigación arrojo como resultado un total de 81 especies registradas. El grupo taxonómico con el mayor número de especies fue el de aves con 54 especies, seguido de los mamíferos y en último lugar anfibio, reptil y peces. El uso de la investigación contribuyo no solo a conocer las especies de la región si no en el cambio de actitud de los estudiantes, favoreciendo significativamente los procesos de enseñanza aprendizaje. Lo anterior, se evidencia en los resultados de investigación obtenidos por los estudiantes donde se evidencio un fortalecimiento en competencias del área de ciencias naturales en los entornos vivo, físico y químico, a través de la investigación, convirtiéndose en una aproximación al listado actualizado de biodiversidad faunística para el sur de la amazonia Caqueteña.