Для большого разнообразия почвенно-климатических условий Казахстана требуются сорта сои, устойчивые к различным стрессам, и прежде всего сорта, устойчивые к засухе. Необходимым условием эффективной селекции на засухоустойчивость является правильная оценка засухоустойчивости. Использование физиологических, анатомо-морфологических и биохимических признаков засухоустойчивости в совокупности с оценкой урожайности семян при засухе позволяет проводить более достоверную оценку. Целенаправленное использование комплекса фенотипических маркеров позволит селекционерам отобрать из коллекции ценные генотипы сои, которые могут быть использованы в различных схемах скрещиваний по созданию продуктивных и засухоустойчивых форм. В работе оценена коллекция сои с использованием анатомо-морфологических и физиолого-биохимических методов оценки засухоустойчивости в контрастных условиях орошения и богары (не поливной участок) научного стационара КазНИИЗиР в фазу налива бобов и яркого проявления недостатка влаги. Выделены образцы по высокой опушенности, хорошо развитому устьичному аппарату, интенсивному накоплению пролина, повышенному уровню квантового выхода фотосистемы (QY). Выделены 3 сорта-Гессенска, Кыэ-шуан, Комет как засухоустойчивые по двум и трем фенотипическим маркерам засухоустойчивости. Продемонстрирована возможность использования современного флуориметра для оценки физиологического состояния растений, в период стресса, вызванного засухой. Образцы, выделенные как засухоустойчивые, будут использованы в гибридизации для создания ценных гибридных популяций и в дальнейшем отечественных засухоустойчивых сортов, адаптированных к условиям безполивного земледелия РК.