En este estudio se determinó la presencia de diversos contaminantes en muestras de sedimentos en el Río de la Plata y la Zona Común de Pesca Argentino-Uruguaya (ZCPAU, 35° S-38° S). Además, se analizó la ocurrencia de genes alkB microbianos, utilizados como biomarcadores funcionales para determinar el potencial de degradación de hidrocarburos a lo largo de este ambiente marino. Se detectaron metales pesados en las estaciones UY1, RdP4 y AR2. El Cr se encontró en un rango entre < 5,0 y 20,7 mg kg-1, y el Pb entre no detectable (ND) y 26,0 mg kg-1. Tanto el Cd como el Hg mostraron valores por debajo de los límites de detección (< 0,2 mg kg-1 y < 0,01 mg kg-1, respectivamente). El Cu varió entre ND y 24,6 mg kg-1, y fue el único metal que sobrepasó los valores recomendados por la ISQG (Interim Sediment Quality Guideline), en los niveles guía en sedimentos para la protección de la biota (CCME, Canadian Council of Ministers of the Environment). Los valores de hidrocarburos, atrazina, glifosato + AMPA (ácido aminometil fosfónico) y pesticidas estuvieron por debajo del límite de cuantificación, mientras que los PCBs (desde < 20,0 a 77,7 µg kg-1) excedieron el nivel de acción A de las “Recomendaciones para la Gestión del Material de Dragado en los Puertos Españoles”. Se obtuvo ADN genómico microbiano purificado en ocho de las nueve muestras analizadas y se logró la amplificación del gen catabólico alkB en las estaciones UY2, UY1, RdP4, AR2 y AR1. Es necesario realizar estudios adicionales para evaluar el potencial de biodegradación microbiana en esta área. Estas investigaciones representan un valioso aporte para evaluar el impacto de las alteraciones antropogénicas sobre los ecosistemas marinos y para comprender los mecanismos de la atenuación natural.