La brucelosis es una enfermedad infecciosa causada por microorganismos del género Brucella que afectan a diferentes especies de mamíferos; la cual provoca aborto, epididimitis, vesiculitis, nacimiento de terneros débiles, merma en la producción de leche, infertilidad y subfertilidad en vacas y toros. La enfermedad por ser zoonótica se considera un problema de salud pública. El objetivo de este diagnóstico fue identificar Brucella abortus mediante la reacción en cadena de la polimerasa. Se logró amplificar un fragmento de 223 pb de la región del gen BCSP31 como fuente de ADN, obtenido a partir de muestras de nódulos linfáticos de la región cervical, pulmonar, bronquial, retrofaríngea y mediastínica. Se analizaron 115 animales faenados en un camal de Loja en el año 2015. La edad de los animales osciló entre 4 y 6 años. En el 14,8 % (17) de los animales faenados se registró positividad a la prueba; aunque la presencia de la bacteria se observó con mayor frecuencia en las regiones cervical, bronquial y retrofaríngea. Con el presente estudio mediante la prueba molecular de PCR se demuestra la presencia de la bacteria Brucella abortus al encontrarla en nódulos linfáticos de animales faenados en el cantón Loja.