La productividad científica en medicina muestra una mayor participación de publicaciones científicas y también mejores posiciones de autoría para los hombres en comparación con las mujeres. Así, el objetivo de este estudio es identificar la producción científica según el sexo en el Instituto Mexicano del Seguro Social, durante el periodo 2005 al 2015. El método utilizado es un estudio bibliométrico transversal de la producción de 10 900 artículos indizados en Scopus y bases de datos mexicanas sobre literatura biomédica. Los nombres de los autores se normalizaron y se identificó el sexo. Analizamos el volumen y los patrones de colaboración de la producción científica por sexo. Empleamos Stata 11.0 para el análisis. En los resultados encontramos que en el periodo de 2005 al año 2015 hubo diferencias significativas entre el volumen de artículos generados por hombres vs mujeres (p<0.01). La tendencia de la producción científica fue mayor y significativa en las mujeres que la de los hombres. En relación a la producción original publicada en revistas con factor de impacto, hubo diferencias entre las contribuciones de hombres y mujeres (p=0.006). Como conclusiones mencionamos que existe una sub-representación para las mujeres en la producción científica en el IMSS del 2005 a 2015.