INTRODUÇÃO: Fibromialgia é uma síndrome crônica, caracterizada por dor músculo-esquelética generalizada. A possibilidade de atenuação dos sintomas com a atividade física abriu novas perspectivas para o tratamento desta doença. OBJETIVO: Avaliar o efeito de um programa de condicionamento físico sobre a capacidade funcional, dor e qualidade de vida de pacientes com fibromialgia. MÉTODOS: Adotado o desenho de coorte para avaliar 18 mulheres, média de 46,4 ± 5,8 anos de idade, com a síndrome em média de 10,6 ± 5,7 anos, submetidas a um ano de condicionamento físico supervisionado, predominantemente aeróbio. No início do estudo e trimestralmente foram realizados: teste de esforço cardiopulmonar para determinação da capacidade funcional; avaliação da intensidade de dor empregando a escala analógica visual; contagem dos pontos dolorosos e determinação do limiar de dor à pressão com o uso do algômetro de pressão; aplicação do questionário de qualidade de vida Medical Outcomes Study 36-Item Short-Form Health Survey (SF-36) traduzido e adaptado para a população brasileira. RESULTADOS: A capacidade funcional melhorou a partir do terceiro mês (p < 0,05), o limiar de dor aumentou a partir do sexto mês (p < 0,05), houve diminuição da dor pós-esforço (p < 0,05) e do número de pontos sensíveis (p < 0,05) no nono mês. A intensidade de dor diminuiu no 12º mês (p < 0,05). Com exceção do item "estado geral de saúde" (p > 0,05), os demais domínios do questionário de qualidade de vida melhoraram em diferentes períodos do estudo (p < 0,05). CONCLUSÃO: As pacientes com fibromialgia submetidas ao programa de condicionamento físico supervisionado apresentaram melhora da capacidade funcional, da dor e da qualidade de vida.