Rafflesia terkenal sebagai tumbuhan yang menghasilkan bunga tunggal yang terbesar di dunia. Namun, ia semakin jarang ditemui dan ialah spesies dalam bahaya. Sistem pengelasan spesies Rafflesia ialah komponen penting dalam usaha pemuliharaan lazimnya bergantung kepada pencirian morfologi bunga. Walau bagaimanapun, pendekatan molekul, termasuk yang berasaskan kepada jujukan genom mitokondria (mtDNA), berupaya menyediakan kaedah pengelasan yang lebih berkesan. Untuk meneroka kemungkinan ini, jujukan mtDNA empat spesies Rafflesia di Semenanjung Malaysia, iaitu R. cantleyi, R. azlanii, R. kerrii dan R. sharifah-hapsahiae telah dihimpun dan dicirikan dalam kajian ini. Bacaan jujukan mtDNA untuk setiap spesies kajian pada mulanya telah ditentukan masing-masing daripada set data genom keseluruhan menggunakan pendekatan pemetaan berbantukan rujukan. Proses penghimpunan secara de novo dan perancahan kemudiannya telah dijalankan ke atas bacaan jujukan yang telah dikenal pasti untuk menghasilkan jujukan mtDNA bagi R. cantleyi (441,992 pb), R. azlanii (472,723 pb), R. kerrii (500,932 pb) dan R. sharifah-hapsahiae (453,747 pb). Seterusnya, anotasi mtDNA bagi setiap spesies telah mengenal pasti sekurang-kurangnya 31 gen pengekodan protein, enam gen tRNA dan tiga rRNA. Perbandingan gen mitokondria mendapati bahawa beberapa gen seperti cob, rpl10, mttB dan ccmB mempamerkan orientasi yang berbeza dalam spesies Rafflesia yang tertentu manakala analisis penjajaran jujukan berganda menunjukkan jujukan gen nad1 adalah berbeza antara keempat-empat spesies Rafflesia yang dikaji. Analisis filogenetik dengan menggunakan jujukan bagi tujuh gen pengekodan protein yang terpelihara berupaya membezakan spesies Rafflesia yang dikaji. Kesimpulannya, hasil pencirian jujukan mtDNA menunjukkan bahawa jujukan gen mitokondria yang khusus berupaya membezakan spesies Rafflesia yang dikaji dan berpotensi untuk digunakan bagi tujuan pengenalpastian serta pengelasan spesies Rafflesia dalam usaha pemuliharaan organisma yang unik ini.