O cultivo de moluscos foi introduzido no Brasil em 1960 no estado de Santa Catarina, porém apenas 1989 desenvolveu-se como uma importante alternativa econômica. Entretanto, o cultivo de moluscos bivalves em escala comercial ainda é restrito a poucas espécies, como a Crassostrea gigas, Crassostrea rhizophorae, Nodipecten nodosus e Perna perna. Apesar de pouco explorado, o cultivo de moluscos bivalves é uma atividade que atinge alcance social e econômico, beneficiando diversos setores da sociedade, gerando empregos, fixando populações nativas litorâneas em seu ambiente tradicional e tornando-se um complemento de renda para pescadores artesanais. Ainda, colabora com a proteção ao meio ambiente, por meio da preservação das regiões onde são feitos os cultivos e pela manutenção dos estoques naturais. Neste cenário, este artigo apresenta os critérios e aspectos considerados para no processo de certificação e rastreabilidade da produção de ostras (Crassostrea gigas), no município de Florianópolis, estado de Santa Catarina abordando os principais critérios e pontos de controle da produção aplicados em cada elo desenvolvido para certificação desta fazenda marinha. O trabalho demostrou que a rastreabilidade e a qualificação dos produtores deve ser incentivada para efetivar e oportunizar melhor qualidade na produção, melhorar a qualidade dos processos e dos produtos, associados à promoção da saúde, segurança e bem-estar do trabalhador. Destacando-se a rastreabilidade e a certificação como ferramenta de gestão e planejamento eficiente que auxilia o crescimento da atividade de modo a promover a segurança alimentar para os consumidores e agregação de valor ao produto que torna-se mais competitivo no mercado.