Nepenthes merupakan tumbuhan karnivora dilindungi dan unik karena memiliki kantong berisi cairan pada ujung daun yang berfungsi sebagai perangkap serangga. Keberadaan Nepenthes gracillis dalam ekosistem terancam punah, yang salah satunya disebabkan serangan bakteri patogen, maka perlu adanya identifikasi bakteri patogen yang menyerang N. gracillis sebagai upaya penanganan. Tujuan dari penelitian ini adalah untuk mengisolasi, mengkarakterisasi, dan mengidentifikasi bakteri patogen pada N. gracillis menggunakan metode karakterisasi morfologi, uji hipersensitif, uji patogenisitas dan analisis BLAST hasil sekuensing gen 16S rRNA pada GenBank NCBI. Hasil uji hipersensitif dan uji patogenisitas menunjukkan isolat bakteri A1 merupakan bakteri patogen tanaman yang menyerang N. gracillis dengan karakteristik morfologi yang sama dengan bakteri genus Erwinia, yaitu bakteri gram negatif, diplococcus, bentuk koloni bulat, tepi koloni rata, warna koloni putih krem, permukaan koloni cembung, dan sekuensing gen 16S rRNA menunjukkan isolat bakteri A1 yang berhasil diisolasi memiliki panjang DNA 900 bp, analisis BLAST pada GenBank NCBI isolat bakteri A1 memiliki similaritas 97,33% dengan bakteri patogen Erwinia aphidicola. Dan disimpulkan bahwa isolat bakteri A1 yang menyebabkan penyakit bintil dan bercak merah pada daun N. gracillis merupakan bakteri patogen tanaman dari genus Erwinia.