BackgroundMany HIV databases and applications focus on a limited domain of HIV knowledge. Since even a “simple” organism like HIV represents a very complex system with many interacting elements, the fractured structure of existing databases and applications likely limits our ability to investigate and understand HIV. To facilitate research, therefore, we have built HIVToolbox, which integrates much of the knowledge about HIV proteins and presents the data in an interactive web application. HIVToolbox allows quick and convenient hypotheses generation, experiment interpretation, and potential new drug structure creation.MethodsHIVToolbox was built as a standard three-tier J2EE web application, consisting of 1) an underlying relational MySQL database, 2) a set of standard Java data access objects that pull data from the database, and 3) a set of dynamic web pages the user interacts with. HIV-1 data from external sources such as the Protein Data Bank, NCBI, Los Alamos, etc. was collected, curated, and stored in the HIVToolbox database. Additional data, such as homology and position statistics matrices, was generated from existing data. Since version 1, drug binding site and drug resistant mutation data has also been added.ResultsHIVToolbox was used to create several new hypotheses about HIV-1 integrase, including predicting the location of a CK2 phosphorylation site, which was later confirmed by experiment. A new version of HIVToolbox support display of the 3D locations of drug resistant mutations on surface plots of HIV proteins and the drug binding sites for structures of complexes of HIV proteins with drugs.ConclusionHIVToolbox is an open-access web application that allows virologists and structural biologists to access detailed information about HIV-1 proteins, such as sequence, structure, functional sites and relationships, homology, drug binding sites, and drug resistant mutations, and to immediately see the relationships between any or all of them. Weblink: [http://hivtoolbox.bio-toolkit.com]
Os autores desta obra: 1. Atestam não possuir qualquer interesse comercial que constitua um conflito de interesses em relação ao artigo científico publicado; 2.Declaram que participaram ativamente da construção dos respectivos manuscritos, preferencialmente na: a) Concepção do estudo, e/ou aquisição de dados, e/ou análise e interpretação de dados; b) Elaboração do artigo ou revisão com vistas a tornar o material intelectualmente relevante; c) Aprovação final do manuscrito para submissão.; 3. Certificam que os artigos científicos publicados estão completamente isentos de dados e/ou resultados fraudulentos; 4. Confirmam a citação e a referência correta de todos os dados e de interpretações de dados de outras pesquisas; 5.Reconhecem terem informado todas as fontes de financiamento recebidas para a consecução da pesquisa; 6. Autorizam a edição da obra, que incluem os registros de ficha catalográfica, ISBN, DOI e demais indexadores, projeto visual e criação de capa, diagramação de miolo, assim como lançamento e divulgação da mesma conforme critérios da Atena Editora. DECLARAÇÃO DA EDITORA A Atena Editora declara, para os devidos fins de direito, que: 1. A presente publicação constitui apenas transferência temporária dos direitos autorais, direito sobre a publicação, inclusive não constitui responsabilidade solidária na criação dos manuscritos publicados, nos termos previstos na Lei sobre direitos autorais (Lei 9610/98), no art. 184 do Código Penal e no art. 927 do Código Civil; 2. Autoriza e incentiva os autores a assinarem contratos com repositórios institucionais, com fins exclusivos de divulgação da obra, desde que com o devido reconhecimento de autoria e edição e sem qualquer finalidade comercial; 3. Todos os e-book são open access, desta forma não os comercializa em seu site, sites parceiros, plataformas de ecommerce, ou qualquer outro meio virtual ou físico, portanto, está isenta de repasses de direitos autorais aos autores; 4. Todos os membros do conselho editorial são doutores e vinculados a instituições de ensino superior públicas, conforme recomendação da CAPES para obtenção do Qualis livro; 5. Não cede, comercializa ou autoriza a utilização dos nomes e e-mails dos autores, bem como nenhum outro dado dos mesmos, para qualquer finalidade que não o escopo da divulgação desta obra. A educação enquanto fenômeno social: Perspectivas de evolução e tendências 3 Capítulo 1
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