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El presente artículo describe la postura de la siguiente administración federal con relación al  Consejo Nacional de Ciencia y Tecnología (CONACYT), de continuar con el Programa de Estímulo a la Innovación (PFI) o cambiar a otro tipo de estrategias que permita fomentar el estímulo a la innovación por parte del sector privado, esta situación forma parte del debate que se ha trabajado en la discontinuidad administrativa (Peña, 1999), esté concepto plantea asegurar los programas de crecimiento institucional para que trasciendan más allá de los sexenios. Es importante hacer énfasis en el tema de innovación de las PYMES, porque de acuerdo con el Sistema Económico Latinoamericano y del Caribe SELA (2009), las PYMES constituyen más del 90% de las empresas en la mayoría de los países del mundo. En América Latina, estudios empíricos estiman que éstas contribuyen entre 35% y 40% a la generación de empleo en la región, 33% del PIB y 25% de la inversión. Por otra parte, la Secretaria de Economía en México (2008), corrobora estos resultados, al inferir que en esta zona existen cerca de 17 millones de empresas formales, 95% microempresas y 1,5 millones pequeñas y medianas, que aportan 40% del empleo, 33% del PIB y 25% de la inversión. Por lo tanto, es necesario retomar los proyectos con relación a la innovación de PYMES que se han desarrollado en el sexenio de Enrique Peña Nieto y sobre todo los que están contemplados en el Plan Nacional de Desarrollo de Andrés Manuel López Obrador.