Kabupaten Deli Serdang merupakan salah satu kontributor untuk produksi durian (Durio zibethinus Murr.) Provinsi Sumatra Utara. Durian Deli Serdang memiliki varietas yang banyak dikenal di pasar buah domestik, diantaranya; Bintana, Ginting, dan Sikapal. Pada penelitian ini, dilakukan analisis keanekaragaman genetik pada durian asal Deli Serdang untuk memperoleh informasi keragaman genetik dan hubungan antar aksesi dengan menggunakan 6 lokus Simple Sequence Repeats (SSR). Hasil menunjukkan bahwa 9 aksesi durian yang dikoleksi dari Kabupaten Deli Serdang berhasil diamplifikasi dan bersifat polimorfik. Hal ini dibuktikan dengan hasil visualisasi lokus SSR yang menghasilkan 23 fragmen DNA berukuran 72255 bp yang didapat melalui bantuan piranti lunak GeneMarker V2.6.7. Hasil penelitian juga menampilkan konstruksi dendogram yang menunjukkan kemiripan antar aksesi durian Deli Serdang yang didapat melalui bantuan perangkat lunak NTSYSpc V2.0.2. Susunan antar aksesi pada pohon dendogram terlihat menyerupai pohon filogenetik, aksesi terpisah dan menyebar pada koefisien 0,540,95 yang tidak dipengaruhi oleh sebaran geografis. Data ini dapat menjadi dasar penelitian budidaya dan konservasi buah durian di Indonesia khususnya di Sumatra Utara.