Penyakit kanker payudara disebabkan oleh adanya pertumbuhan sel-sel yang tidak normal dan tidak terkontrol di dalam payudara. Akar Murbei Hitam (Morus nigra L.) telah diteliti menunjukkan aktivitas sebagai antioksidan dan antiinflamasi. Berdasarkan paparan tersebut, didapatkan senyawa dari akar Murbei Hitam yang diprediksi memiliki aktivitas antikanker payudara. Penelitian ini bertujuan untuk memperoleh kandidat senyawa baru antikanker payudara serta membuktikan bahwa senyawa-senyawa yang berasal dari senyawa aktif akar Murbei Hitam dapat memiliki interaksi baik terhadap ER-α dan ER-β melalui metode identifikasi farmakofor dan penambatan molekul. 29 senyawa akar Murbei Hitam terlebih dahulu ditentukan menggunakan metode skrining farmakofor dengan program LigandScout 4.3 dan ditambatkan pada reseptor target menggunakan metode penambatan molekul dengan program AutoDockTools 1.5.6. Analisis hasil penambatan diperoleh satu senyawa aktif akar Murbei Hitam sebagai lead compound terhadap ER-β yaitu Morachalcone A yang memiliki pharmacophore fit score 67,55% dan nilai ikatan energi bebas (ΔG) -11.28 kkal/mol, dimana nilai energi bebas lebih rendah dibandingkan dengan ligan alami Genistein yang merupakan ligan alami dari ER-β yaitu sebesar -10,25 kkal/mol dan residu asam amino yang terikat pada Morachalcone A yaitu GLU305, HIS475, LEU298 dan GLY472. Perolehan data tersebut menggambarkan bahwa Morachalcone A memiliki potensi sebagai kandidat senyawa baru antikanker payudara yang ditargetkan pada ER-β. Dilihat dari pengujian toksisitas dan sifat fisikokimia senyawa Morachalcone A telah memenuhi persyaratan. Tetapi dilihat dari hasil pengujian profil farmakokinetikanya senyawa ini belum memenuhi persyaratan.