This study aimed to determine the prevalence of dogs seropositive for Toxoplasma gondii and Neospora caninum (Apicomplexa) and the risk factors associated with seropositivity in the dog population of Ibiúna, São Paulo, Brazil. A total of 570 animals were examined in the 48 neighborhoods of the city from September 2007 to March 2008. Serological diagnosis of T. gondii and N. caninum infections was performed using indirect immunofluorescence assay (IFA), with endpoint titers of 1:64 for T. gondii and 1:50 for N. caninum. Of the 570 animals examined, 314 (55.1%; 95% CI = 50.9−59.2%) were seropositive for T. gondii and 40 (7.02%; 95% CI = 5.1−9.4%) for N. caninum. The variables presence of rodents (OR = 2.05), ingestion of raw meat (OR= 2.47), and prior sexual activity (OR = 1.79) were identified as risk factors for toxoplasmosis, whereas only prior sexual activity (OR = 3.29) was associated with an increased risk for neosporosis. Both T. gondii and N. caninum infections were detected by IFA in the dog population of Ibiúna. Rodent control and not feeding raw meat to dogs are important to reduce the risk of infection by T. gondii and N. caninum in the region. das infecções por T. gondii e N. caninum foi efetuado com a reação de imunofluorescência indireta (RIFI), adotando-se os pontos de corte de 1:64 para T. gondii e 1:50 para N. caninum. Dos 570 animais examinados, 314 (55,1%; IC 95% = 50,9% -59,2%) foram soropositivos para T. gondii, e 40 (7,02%; IC 95% = 5,1% -9,4%) para N. caninum. As variáveis presença de ratos (OR = 2,05), ingestão de carne crua (OR= 2,47) e atividade sexual (OR = 1,79) foram identificadas como fatores de risco associados à toxoplasmose, e para neosporose, a variável atividade sexual (OR = 3,29) foi identificada como fator de risco. As infecções por T. gondii N. caninum, detectadas pela RIFI, estão presentes na população canina de Ibiúna. O controle de roedores e a não administração de carne crua aos animais são importantes para reduzir o risco de infecção por T. gondii e N. caninum na região.