ABSTRACT. The Plectranthus genus comprises several species generally referred to as boldo, which are highly used in popular medicine due to their anti-dyspeptic, analgesic and digestion-stimulating properties. The amount of natural active principles can vary greatly in the related genotypes, which may lead to the inappropriate use of these plants. This work aimed to analyze the interspecific diversity among four species of the Plectranthus genus (P. grandis, P. barbatus, P. neochilus and P. amboinicus) and the intraspecific diversity of P. barbatus collected from different places in southern Brazil, by means of the RAPD technique. A higher genetic similarity was observed between the P. neochilus and P. amboinicus species (80%), followed by P. grandis and P. barbatus (77%). P. barbatus genotypes from Passo Fundo and Porto Alegre showed a genetic similarity which was close to 100%, while the genetic similarity for P. barbatus genotypes from other locations was higher than 96%. Although a low variability among genotypes of this species was found in this study, RAPD markers allowed a clear differentiation among the analyzed genotypes, showing a 53% mean genetic similarity, with a high correlation value (r = 0.99), which proves a high agreement between the genetic similarity and clustering data. RESUMO. Similaridade genética de quatro espécies do gênero Plectranthus. O gênero Plectranthus abrange plantas de diversas espécies, referidas como boldo, que são utilizadas na medicina popular pelas suas propriedades antidispépticas, analgésicas e estimulantes da digestão. Genótipos relacionados podem diferir amplamente na quantidade de princípios ativos naturais, resultando no uso de plantas não-apropriadas à saúde da população. O objetivo do presente estudo foi avaliar a diversidade genética interespecífica de quatro espécies do gênero Plectranthus (P. grandis, P. barbatus, P. neochilus e P. amboinicus) e intraespecífica de P. barbatus, coletadas em diferentes localidades da região Sul do Brasil, por meio da técnica de RAPD (Random Amplified Polymorphic DNA). Foi observada maior similaridade genética entre as espécies P. neochilus e P. amboinicus (80%), seguido de P. grandis e P. barbatus (77%). Genótipos de P. barbatus provenientes de Passo Fundo e Porto Alegre apresentaram similaridade genética próximo a 100%, enquanto nas demais regiões foi superior a 96%. Embora no presente trabalho tenha sido detectada baixa variabilidade entre genótipos desta espécie, a técnica de RAPD permitiu clara separação entre as quatro espécies analisadas, apresentando uma similaridade genética média de 53%, com um valor de correlação alto (r = 0,99), demonstrando elevada representatividade dos dados de similaridade genética com os de agrupamento.Palavras-chave: RAPD, boldo, diversidade genética, plantas medicinais.