Penelitian ini bertujuan untuk menganalisis: (1) tingkat kemampuan pemahaman konsep matematika siswa dalam penerapan model Discovery Learning berbantuan Matlab, (2) kesulitan kemampuan pemahaman konsep matematika siswa dalam penerapan model Discovery Learning berbantuan Matlab. Penelitian ini adalah penelitian kualitatif bersifat deskriptif yaitu penelitian yang bertujuan untuk mendeskripsikan secara mendalam, sistematis, faktual dan akurat kemampuan pemahaman konsep matematika siswa dalam penerapan model Discovery Learning berbantuan Matlab serta kesulitan-kesulitan yang dialami siswa. Penelitian ini dilaksanakan di SMA Methodist 1 Kutalimbaru. Subjek dalam penelitian ini melibatkan kelas XI IPA-2. Materi pembelajaran yang diberikan adalah materi limit fungsi aljabar. Instrumen penelitian ini adalah tes kemampuan pemahaman konsep matematika dan akhirnya diambil subjek untuk dikenai wawancara. Berdasarkan data hasil penelitian diperoleh bahwa: (1) Tingkat kemampuan pemahaman konsep matematika siswa dalam penerapan model Discovery Learning berbantuan Matlab yang berkemampuan baik memiliki persentasi tertinggi sebesar 57% lalu diikuti oleh siswa berkemampuan sangat baik dengan persentase 24%, siswa berkemampuan cukup dengan persentase 14% dan siswa berkemampuan kurang dengan persentase 5%; (2) Kesulitan kemampuan pemahaman konsep matematika dalam penerapan model Discovery Learning berbantuan matlab diantaranya kesulitan fakta karena tidak mampu menginterpretasikan hasil yang diperoleh, tidak mampu mengubah permasalahan dalam model yang lebih sederhana; kesulitan konsep karena tidak mampu menjelaskan melalui tulisan sebuah definisi dengan tepat; dan kesulitan prinsip karena tidak mampu mengaitkan antar konsep dalam pemecahan masalah.