Introducción: la formación interdisciplinar en el marco de la atención primaria en salud (APS) permite la apertura a nuevos conocimientos, un abordaje integral a realidades complejas en los territorios y la articulación entre actores. Esto posibilita mejores resultados tanto para las comunidades, en la resolución de sus necesidades y problemas, como para los profesionales que vinculan a su formación el concepto y práctica de la APS. Objetivo: diseñar una ruta metodológica para la implementación de prácticas interdisciplinarias integradas con enfoque territorial, en el marco de la APS. Metodología: es un proyecto de interacción social, cualitativo, basado en los postulados del paradigma crítico social y bajo las premisas de la educación popular y la acción participativa, cuyo proceso de desarrollo estuvo enmarcado en la construcción colectiva con estudiantes y docentes de las diferentes unidades académicas participantes, así como con líderes sociales, comunitarios, institucionales y políticos de los territorios vinculados. Por ello, la construcción de la ruta privilegia la participación de estos, de forma horizontal en cada uno de los momentos del proyecto: diagnóstico, sistematización y validación. Resultados: se creó una ruta metodológica en cuatro fases: aprestamiento, planeación, ejecución y evaluación, cada una con diferentes momentos. Discusión: pese a que no se encontraron otros referentes de rutas metodológicas de prácticas interdisciplinarias integradas, la discusión se centra en los conceptos de educación para la salud, APS e interdisciplinariedad y sus implicaciones, tanto para los procesos de formación como para el abordaje interdisciplinario de las necesidades en los territorios. Conclusiones: la cogestión de actores comunitarios, institucionales de los territorios y de la universidad son cruciales para desarrollar los propósitos de formación y aportar a la resolución de necesidades y problemas priorizados, en el marco de la APS, entendiendo la comunidad como un sujeto de acompañamiento mediante prácticas interdisciplinarias integradas y no como un objeto de intervención para lograr propósitos formativos.