Objetivo: Evaluar la retención y efecto anticariogénico de los selladores en molares primarios. Material y Métodos: Se realizó un ensayo clínico, controlado, ciego simple, con diseño de boca dividida, en 320 segundos molares primarios libres de caries de 80 niños con edades entre 3 y 5 años. Fueron sellados con vidrio ionomérico Ketac Molar® 3M segundos molares derechos y con sellador de resina Clinpro® 3M segundos molares izquierdos. Después de doce meses se evaluó la retención y la incidencia de caries. Los datos se procesaron con el programa SPSS V-19. Se utilizó la prueba Chi cuadrado y Test de Fisher. Resultados: El grupo control obtuvo 20% de retención total y el experimental 13.3%. El sellador Clinpro® mostró 28.6% de pérdida, y el sellador Ketac Molar® 32%. Dentro del grupo experimental ningún molar presentó lesiones, mientras que el grupo control hubo un 16.3% de incidencia de caries, estas diferencias fueron estadísticamente significativas (p<0.05). Conclusión: La retención del sellador de resina fue superior a la del cemento de ionómero de vidrio luego de 1 año. La retención de los selladores en los dientes mandibulares fue superior a la de los dientes maxilares. No hubo incidencia de lesiones de caries dental en el grupo de molares sellados con pérdida del ionómero de vidrio, contrario al grupo que recibió el sellador a base de resina donde se presentaron 7 casos de la enfermedad.