Perifiton merupakan organisme yang hidup menempel pada substrat alam iseperti batu. Tujuan dari penelitian ini yaitu untuk mengetahui kelimpahan perifiton di Sungai Bone Kabupaten Bone Bolango. Penelitian ini dilakukan di dua stasiun yakni di Desa Panggulo Kecamatan Suwawa Timur dan Desa Tolomato Kecamatan Suwawa Tengah Kabupaten Bone Bolango. Hasil penelitian menunjukkan bahwa di Sungai Bone ditemukan 23 genus yang terdiri dari 8 kelas. Kelimpahan relatif perifiton yang tertinggi yaitu dari kelas Bacillariophyceae sebesar 33%. Indeks keanekaragaman perifiton di Stasiun 1 berkisar 1,80-1,90 dan pada Stasiun 2 berkisar 1,81-1,99. Indeks keseragaman perifiton di Stasiun 1 berkisar 0,70-0,75 dan di Stasiun 2 berkisar 0,86-0,93. Indeks dominansi hampir tidak ada individu yang mendominasi.