La sociedad actual enfrenta fuertes desafíos para garantizar la Seguridad Alimentaria y Nutricional (SAN), especialmente en comunidades rurales e indígenas. Este estudio construye las bases para un proceso de transición agroecológica con el fin de aportar a la garantía de la SAN en familias agricultoras del resguardo indígena Muisca de “Fonquetá y Cerca de Piedra” en Chía-Cundinamarca (Colombia). Se analizaron las limitaciones y potencialidades del contexto territorial y las familias agricultoras, para emprender un proceso hacia la transición agroecológica, que se concibe como un proceso complejo de cambio desde una forma convencional de producir alimentos hacia una forma alternativa de agricultura sostenible de base agroecológica. Se planteó una metodología participativa con enfoque mixto que identificó categorías de análisis a partir de un marco de análisis para la SAN con enfoque agroecológico. El trabajo se realizó con 13 familias del resguardo indígena dedicadas a la agricultura familiar con un total de 45 personas. El 23% de los predios familiares se encuentra sembrado con cultivos alimentarios, aromáticas, medicinales y/o plantas de uso ritual y se ubican en general en estadías iniciales de la transición, aunque algunas presentan fortalezas en etapas avanzadas. A pesar de las situaciones negativas como la falta de apoyo económico desde el cabildo o el municipio y la escasez de personas para cultivar, existe un interés marcado por producir alimentos conservando el ambiente y su cultura, así como un conjunto de saberes que deben ser promovidos desde el resguardo indígena para repensar la SAN desde la colectividad. Se concluye la necesidad de dar un giro en el concepto institucional de la SAN abordado en este estudio, hacia el concepto de Soberanía Alimentaria, dado su carácter holístico, sistémico, situado, integrador y de derechos que promueve la transición agroecológica.