Mesin pemanen kombinasi untuk padi dimodifikasi untuk memanen jagung. Agar jagung bisa dipanen dengan mesin tersebut maka diperlukan penyesuaian pada beberapa bagian, salah satunya sistem pembersihan mesin pemanen kombinasi. Hal ini disebabkan oleh perbedaan lahan, pohon, dan buah dari padi dan jagung. Penelitian ini bertujuan untuk meningkatkan kebersihan bulir jagung yang telah terpipil dan membuang sampah yang masuk ke dalam ruang penyaringan sehingga diperoleh pembersihan yang optimal serta mengurangi jagung yang terbuang. Metode penelitian menggunakan reverse engineering dengan mengidentifikasi fungsi dari bagian-bagian sistem pembersihan mesin pemanen kombinasi. Pengujian dilakukan di laboratorium dengan kondisi lantai rata dan datar. Pengujian meliputi kadar air jagung, bentuk dan posisi sieve, lebar celah pembuangan, kemiringan penampung jagung, serta pengaruh putaran engine dan kecepatan angin dari blower. Hasil pengujian menunjukkan bahwa kadar air jagung 19% menghasilkan jagung pipilan yang bersih. Agar biji jagung dapat bergerak ke area screw pembawa, perlu kemiringan penampung jagung minimal sebesar 20°. Celah pembuangan sampah dibuat sebesar 65 mm supaya sampah tidak tersumbat pada saat pembersihan  butir jagung. Posisi dan bentuk sieve juga berpengaruh terhadap jumlah jagung yang terbuang dan proses penyaringan. Sieve yang dipasang dengan kemiringan 20° berhasil mengurangi jagung yang terbuang menjadi 4,67% pada putaran engine 1500,2 rpm dan  kecepatan angin dari blower sebesar 1,7 – 3,9 m/s.