Masalah yang dihadapi dalam proses pembelajaran online adalah rendahnya hasil belajar yang diperoleh siswa. Salah satu faktor yang mempengaruhi hasil belajar adalah kesulitan belajar. Kesulitan belajar adalah hambatan atau gangguan pada individu yang mengakibatkan individu tersebut tidak dapat belajar dengan baik. Penelitian ini bertujuan untuk menganalisis persentase dan kategori kesulitan belajar biologi siswa melalui pembelajaran online dan untuk mengetahui hubungan antara kesulitan belajar biologi melalui pembelajaran online dengan hasil belajar siswa. Penelitian ini merupakan penelitian deskriptif. Populasi penelitian ini adalah seluruh siswa. Sampel penelitian berjumlah 94 siswa yang terdiri dari 5 kelas. Teknik pengambilan sampel adalah teknik proportional stratified random sampling dengan proporsi sampel 50%. Data penelitian dianalisis menggunakan korelasi rank spearman kemudian dilakukan uji t untuk mengetahui korelasinya. Hasil penelitian menunjukkan bahwa rata-rata kesulitan pembelajaran biologi melalui pembelajaran online berada pada kategori tinggi yaitu 67%. Dan hubungan antara kesulitan belajar biologi melalui pembelajaran online dengan hasil belajar siswa dengan nilai r = 0,254; Koefisien nilai thitung sebesar 2,604 lebih besar dari ttabel yaitu 1,986, sehingga dapat disimpulkan bahwa terdapat hubungan yang positif dan signifikan antara kesulitan belajar biologi melalui pembelajaran online dengan hasil belajar siswa.