Abstrak. Tujuan penelitian ini adalah untuk menganalisis penguasaan konsep dan miskonsepsi siswa pada materi sel kelas XI MIPA melalui metode Certainty Of Response Index (CRI) pada materi sel pada di SMA Negeri 1 Wawotobi.  Populasi dalam penelitian ini adalah siswa kelas XI MIPA di SMAN 1 Wawotobi Kabupaten Konawe. Teknik pengambilan sampel pada penelitian ini adalah teknik purposive sampling yang terdiri dari 3 kelas dengan jumlah siswa 103. Jenis penelitian ini menggunakan metode analisis deskriptif.Hasil analisis data menunjukkan bahwa: 1) Penguasaan konsep siswa pada materi sel di kelas XI MIPA SMAN 1 Wawotobi Kabupaten konawe secara umum lebih tinggi dibandingkan dengan siswa yang mengalami miskonsepsi. 2) Berdasarkan nilai persentase indikator penguasaan konsep tertinggi ditemukan pada indikator mengidentifikasi pada soal nomor 4 sebesar 79,4%, sedangkan penguasaan konsep terendah ditemukan pada indikator mengindentikasi dan menjelaskan pada soal nomor 17 dan 20 sebesar 0%.  Siswa yang mengalami miskonsepsi tertinggi ditemukan pada indikator mengidentifikasi pada soal nomor 14 sebesar 73,6% sedangkan miskonsepsi terendah ditemukan pada indikator mengindentikasi dan menjelaskan pada soal nomor 14, 16, 18 dan 15 sebesar 2,8% dan 5,6%. Kata Kunci: analisis penguasaan konsep, miskonsepsi siswa