Introdução: A estenose hipertrófica de piloro infantil (EHPI) consiste num estreitamento do piloro que pode dificultar ou interromper a comunicação entre o duodeno e o estômago do paciente, sendo mais prevalente em lactentes do sexo masculino entre três e oito semanas de vida, com histórico familiar de EHPI. Existem muitas divergências e especulações quanto a etiologia desta doença, e quais genes e fatores ambientais estariam envolvidos no seu desenvolvimento. Relato do caso: Este relato de caso, retrata o diagnóstico e tratamento de EHPI em pacientes gêmeas dizigóticas do sexo feminino, sem histórico familiar, em um Hospital Pediátrico de Referência, de forma a enfatizar a raridade do caso abordado. Conclusão: O quadro clínico, histórico familiar e fatores de risco devem ser explorados amplamente a fim de que se possa realizar um diagnóstico rápido e preciso da doença, evitando quaisquer prejuízos ao desenvolvimento da criança.