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La bibliografía especializada muestra un conjunto de limitantes propias del control interno, derivadas fundamentalmente de las implicaciones del mismo como fuente de verificación más que como herramienta de gestión, lo que ha restringido su alcance. Esto se manifiesta de manera particular en la IES. Uno de los problemas básicos de los Sistemas de Control Interno, asumidos por definición, es que son poco flexibles a la inclusión de nuevas variables y criterios de evaluación. Esto ha contribuido notablemente a la proliferación de limitaciones en la integración del sistema de control y los modelos de gestión, a la hora de desarrollar mecanismo de coordinación que favorezcan la explotación de sinergias.Esta ponencia se dedica a mostrar brevemente, a través de una investigación de campo desarrollada en 12 IES, cómo se manifiesta la falta de alineamiento en los sistemas de control internos a través de relaciones causales entre sus principales limitantes.