La vegetación riparia es primordial para el funcionamiento de los ecosistemas acuáticos al aportar materia orgánica. Dado que el perifiton juega un rol indispensable en la dinámica de estos ecosistemas y existen pocos trabajos sobre su ecología en el Neotrópico, se planteó la pregunta: ¿Cómo afecta el tipo de cobertura vegetal de la zona riparia, la estructura del fitoperifiton de humedales de la Orinoquía? En noviembre de 2016 se estudiaron 15 humedales con cobertura boscosa y 15 humedales con vegetación herbácea en su zona riparia. Los humedales están ubicados en la zona periurbana de Villavicencio, Meta (Colombia). Se comparó la diversidad algal entre coberturas riparias y se realizaron análisis de Redundancia para determinar que variables ambientales explicaban la composición del fitoperifiton. Se encontraron 467 morfotipos de algas, el 36,2 % perteneció a la clase Zygnematophyceae, 35,3 % a Bacillariophyceae y 16 % a Chlorophyceae. En cuanto a las diatomeas, se encontraron 165 morfoespecies distribuidas en 30 géneros. Eunotia y Pinnularia fueron los más representativos. Los análisis multivariados indicaron que la composición de diatomeas se relacionó con la cobertura vegetal litoral y el carbono orgánico total. El resto del fitoperifiton fue explicado por la temperatura y la conductividad. Modelos de regresión lineal mostraron que la diversidad de diatomeas fue explicada por el número de sustratos, la temporalidad y la cobertura vegetal riparia. Los resultados permiten concluir que en humedales antropizados de la Orinoquía colombiana, el tipo de cobertura vegetal riparia afecta la composición y diversidad de las diatomeas.